Отредактируйте файл «_links.css» в папке dokuwiki/lib/tpl/dokuwiki/css, изменив описание для «div.dokuwiki a.wikilink1»:

div.dokuwiki a.wikilink1 {
  background: transparent url(images/tocdot2.gif) 0 0.6em no-repeat;
  padding-left:0.4em; 
}